Император Николай I «положил быть открытию» нового музея в 5 (17) февраля 1852 года. В честь этого события был устроен праздник. В театре были показаны опера Гаэтано Доницетти «Дон Паскуале» и балет Цезаря Пуни «Катарина, дочь разбойника». Праздник завершился великолепным ужином, столы были накрыты на «600 кувертов» в самых больших залах музея — Просветах. Флориан Жиль, начальник I Отделения Эрмитажа, писал об этом событии: «...придворные дамы в прекрасных своих туалетах, группируясь среди блеска освещения и сокровищ Эрмитажа, изящные группы военных в блестящих мундирах, министры, высшие государственные сановники, собранные в этой очаровательной ограде... всё это давало новый блеск избранному помещению. Зрелище было единственное и воспоминание о нём осталось в памяти избранных участников этого праздника, в котором, казалось, как бы отблеск Востока сочетался с тем, что тонкий вкус Европы имеет самого изысканного и изящного».
Жизнь Императорского Эрмитажа была упорядочена утверждённой в 1851 году Инструкцией по управлению музеем. Музей находился в ведении министра императорского двора генерал-адъютанта графа В. Ф. Адлерберга и подчинялся непосредственно обер-гофмаршалу императорского Двора, графу А. П. Шувалову. Штат сотрудников состоял из 29 человек (не считая 90 человек обслуживающего персонала). В музее были созданы два отделения: Первое включало библиотеку, рукописи, эстампы, гравюры, монеты, медали, резные камни, расписные камни и древности. Во Второе определили собрание картин, рисунков, скульптуры, драгоценных вещей и Кабинет Петра Великого. «Инструкция» касалась всех сторон деятельности Эрмитажа, в том числе и допуска в него посетителей. Император Николай I повелел учредить правила, на основании которых собрания музея стали доступными не только знатокам и любителям, но «каждому отдельно с билетом», выданным придворной конторой его величества.
Во время обсуждения этих Правил в записке обер-гофмаршалу Шувалову Ф. А. Жиль излагал свои мысли на сей счёт: «В Европе вообще принято, что в подобных случаях следует показывать большую щедрость, потому что одни только владетельные особы в состоянии собирать сии огромные хранилища... Но как Музей Эрмитажа есть собрание, собственно принадлежащее Государю Императору и публика по Высочайшей воле туда допущена будет с некоторыми ограничениями и по билетам... от посетителей просто требуется: – чтобы они оставляли у сторожа шинели их, трости, зонты и проч., – чтобы они в строгом смысле удерживались от прикосновения к предметам, находящимся в залах Эрмитажа. Посетителям дозволяется обращаться к хранителям... когда они пожелают иметь какие-либо особые сведения. Если посетители сии оправдают вопросы их действительными познаниями в этих предметах, хранители обязаны иметь уважение к их требованиям».
Начальник II Отделения Эрмитажа Ф. А. Бруни писал в Правилах размещения экспонатов: «Живописные картины и портреты распределяются в Эрмитажных галереях по школам, художникам и эпохе их произведения... и чтобы оные имели, сколь возможно, выгоднейшее для них освещение». Николай I ежедневно с 13 до 14 часов руководил комиссией, занимавшейся отбором и развеской картин. «Если раз он решил, что картина такой-то школы, его уже мудрено было переубедить. — Это фламандец! — Ваше Величество, мне кажется... — Нет, уж ты, Бруни, не спорь. Фламандец!»
В целом экспозиция поручалась начальнику Отделения, но с предварительным представлением проекта через обер-гофмаршала на утверждение министра двора. Впервые были введены описи, копии с которых подлежали хранению в придворной конторе, и обязательное опечатывание шкафов хранителями. В «Записке о чиновниках I Отделения Эрмитажа» Жиль пишет: «Гг. Чиновники и Библиотекари... — суть непосредственные хранители коллекций... Щекотливость их должностей требует, чтобы лица сии соединяли в себе двойной характер — знания своего дела и нравственность... деятельный ум, долженствующий быть уделом хранителей вместе с необходимыми познаниями для исправления их должностей при Эрмитаже, которые они беспрестанно обязаны стараться увеличивать изучением вверенных им коллекций». Хранителям, кроме изучения своих собраний, вменялось и составление «обстоятельного и точного их описания (catalogue raisonné)».
При первоначальном размещении коллекций весь второй этаж был занят картинной галереей. Три Просвета были отведены испанской, итальянской и фламандской (преимущественно Рубенсу и Ван Дейку) школам. В малых кабинетах, за исключением первого — «Кабинета императрицы», вместившего собрание керченского золота, расположилась экспозиция итальянской живописи. В кабинетах, расположенных вдоль нынешнего зала Рембрандта, была представлена французская и немецкая школа. Далее следовал зал Снейдерса и маленький фламандский зал. В Шатровом зале и смежном угловом находились картины голландских и фламандских художников; нынешний зал Рубенса был залом Рембрандта, два смежных с ним зала были заняты произведениями русской школы. В большом зале майолики было расположено собрание резных камней.
Организация Эрмитажа — от окончания постройки здания и первого размещения в нём собраний до создания новой структуры (5 отделений) и окончательного переустройства всей экспозиции музея — заняла 12 лет. Популярность Эрмитажа с середины 1860-х годов возросла во много раз. Вероятно, это было связано со свободным входом в музей. К 1880 году посещаемость достигла 50 000 человек в год. Кроме издания каталогов были напечатаны списки картин, помещённые в каждом зале, и так называемые «ручные каталоги», наклеенные на плотный картон и снабжённые деревянной ручкой, которые предоставлялись посетителям. В 1859 году А. И. Сомов выпустил небольшую книжку «Картины Императорского Эрмитажа». Несколькими годами позже в «Отечественных записках» писатель Д. В. Григорович опубликовал путеводитель по музею «Прогулка по Эрмитажу». В предисловии он писал: «Значение Эрмитажа для России доказывается тем, что хотя он за несколько лет перед настоящим временем был мало доступен, хотя в обществе нашем незаметно сильного влечения к художеству — Эрмитаж, тем не менее, пользуется в нашем отечестве большой популярностью. Произнесите слово Эрмитаж! В любом конце России — каждый уже слышал его. О нём расспрашивают даже те, которые никогда не бывали в Петербурге».
Экспонаты

Ухтомский, Константин Андреевич. Виды залов Нового Эрмитажа. Зал гравюр. 1856 г.

Ухтомский, Константин Андреевич. Виды залов Нового Эрмитажа. Кабинет скульптуры. 1854 г.

Ухтомский, Константин Андреевич. Виды залов Нового Эрмитажа. Кабинет египетской скульптуры. 1858 г.

Ухтомский, Константин Андреевич. Виды залов Нового Эрмитажа. Зал V библиотеки. 1860 г.

Гау, Эдуард Петрович. Виды залов Нового Эрмитажа. Зал голландской и фламандской школ. 1857 г.

Премацци, Луиджи (Людвиг Осипович). Виды залов Нового Эрмитажа. Зал голландской и фламандской школ. 1860 г.

Премацци, Луиджи (Людвиг Осипович). Виды залов Нового Эрмитажа. Зал французской школы. 1859 г.

Ухтомский, Константин Андреевич. Виды залов Нового Эрмитажа. Зал рисунков. 1859 г.

Ухтомский, Константин Андреевич. Виды залов Нового Эрмитажа. Галерея древностей Боспора Киммерийского. 1857 г.

Ухтомский, Константин Андреевич. Виды залов Нового Эрмитажа. Зал древностей Боспора Киммерийского. 1854 г.

Гау, Эдуард Петрович. Виды залов Нового Эрмитажа. Зал немецкой школы. 1860 г.

Ухтомский, Константин Андреевич. Виды залов Нового Эрмитажа. Кабинет скульптуры. 1859 г.

Ухтомский, Константин Андреевич. Виды залов Нового Эрмитажа. Зал Колыванской вазы. 1858 г.